該院前身為1978年創(chuàng)建的哲里木盟醫(yī)學(xué)院。學(xué)院在創(chuàng)建初期僅有1個(gè)蒙醫(yī)專(zhuān)業(yè)的基礎(chǔ)上發(fā)展為蒙醫(yī)學(xué)、蒙醫(yī)骨傷、蒙藥、藥物制劑和高級(jí)護(hù)理5個(gè)專(zhuān)業(yè)，其中蒙醫(yī)學(xué)為自治區(qū)重點(diǎn)學(xué)科，蒙藥學(xué)為自治區(qū)示范課程。學(xué)院在教學(xué)層次上門(mén)類(lèi)齊全，面向全國(guó)招收碩士研究生、本科生、大專(zhuān)生，培養(yǎng)的蒙醫(yī)藥人才在內(nèi)蒙古及新疆、青海、甘肅、遼寧、吉林、黑龍江等地區(qū)的醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)中發(fā)揮著骨干作用。

蒙醫(yī)藥學(xué)院使用蒙語(yǔ)教學(xué)，教材的編寫(xiě)出版是一項(xiàng)極為繁重的任務(wù)。學(xué)院組織教授、蒙醫(yī)藥專(zhuān)家編寫(xiě)教材，先后編寫(xiě)出版了25部本科教材、14部專(zhuān)科教材，保證了教學(xué)需要。其中，11部教材榮獲國(guó)家教育部及自治區(qū)優(yōu)秀教材。2003年，學(xué)院?jiǎn)?dòng)了《21世紀(jì)教育振興行動(dòng)計(jì)劃》項(xiàng)目蒙醫(yī)藥43部高等院校規(guī)劃教材的編寫(xiě)工作。

為提高教育教學(xué)質(zhì)量，該院努力探索和實(shí)踐產(chǎn)、學(xué)、研一條龍發(fā)展的新路，大力加強(qiáng)科研平臺(tái)建設(shè)，現(xiàn)已建成“蒙藥研發(fā)國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室”、“國(guó)家民委教育部蒙醫(yī)藥研發(fā)工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“內(nèi)蒙古自治區(qū)蒙醫(yī)藥研發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“內(nèi)蒙古高校蒙醫(yī)藥研發(fā)工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”、“內(nèi)蒙古醫(yī)藥衛(wèi)生蒙醫(yī)藥重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”5個(gè)實(shí)驗(yàn)室。該院還致力于將科研成果轉(zhuǎn)化為產(chǎn)品推向市場(chǎng)，造福民眾。近年來(lái)，在沈陽(yáng)藥科大學(xué)、中國(guó)中醫(yī)研究院及通遼蒙藥制藥有限公司的支持與協(xié)作下，研制生產(chǎn)了多種蒙藥新藥。