從基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、調(diào)控組、宏基因組等各個(gè)生物層面上對(duì)生物體進(jìn)行信息解讀，是理解復(fù)雜生命機(jī)理的關(guān)鍵。新一代測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，為我們從各個(gè)角度觀測(cè)生命系統(tǒng)提供了可能。新一代測(cè)序技術(shù)又稱(chēng)高通量測(cè)序，是對(duì)第一代DNA測(cè)序技術(shù)顛覆性革命，以2005年454公司推出基于焦磷酸測(cè)序技術(shù)的454測(cè)序儀為標(biāo)志，代表著新一代測(cè)序技術(shù)的推廣和應(yīng)用。隨后的2006年，美國(guó)Illumina公司進(jìn)軍新一代DNA測(cè)序市場(chǎng)，研發(fā)出了自己測(cè)序平臺(tái)—Solexa測(cè)序儀。2007年，美國(guó)ABI公司也推出了他們的第二代測(cè)序平臺(tái)—SOLiD測(cè)序儀。目前這三大測(cè)序平臺(tái)是普遍使用的DNA測(cè)序儀，從市場(chǎng)銷(xiāo)售情況來(lái)看，illumina測(cè)序儀成為測(cè)序領(lǐng)域主流。每年發(fā)表的測(cè)序文章中，基于illumina測(cè)序平臺(tái)占了絕大部分。
 

高通量測(cè)序技術(shù)的風(fēng)起云涌，測(cè)序價(jià)格的一降再降，各個(gè)測(cè)序公司的激烈競(jìng)爭(zhēng)，使得新一代測(cè)序已然成為分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室中的平民化工具。該技術(shù)極大推動(dòng)了生命科學(xué)的發(fā)展，讓人們可以更方便快捷地洞察生物學(xué)的奧秘。由于儀器設(shè)備和專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì)限制，很多老師的項(xiàng)目都只能與公司合作?，F(xiàn)在市場(chǎng)上與測(cè)序相關(guān)公司近百家，雖然高通量測(cè)序本身是一項(xiàng)高端技術(shù)，需要一定的實(shí)力，但跟其他行業(yè)一樣，也是魚(yú)龍混雜、泥沙俱下，因此選擇合適的測(cè)序方案，性?xún)r(jià)比高的測(cè)序公司對(duì)項(xiàng)目的順利開(kāi)展至關(guān)重要。與各位老師接觸的過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)了一些問(wèn)題，整理一下作為給即將利用該技術(shù)老師一個(gè)參考。
 

首先是公司的選擇。對(duì)于任何一家公司都有其優(yōu)勢(shì)和不足，選擇時(shí)主要有兩點(diǎn)可供參考：第一該公司是否有自己的測(cè)序平臺(tái)？目前有自己測(cè)序平臺(tái)的公司并不多，如果沒(méi)有自己的測(cè)序平臺(tái)，爭(zhēng)取到項(xiàng)目后就要交給別的公司去測(cè)序，這樣在測(cè)序質(zhì)量和項(xiàng)目周期上就沒(méi)法保證，有時(shí)會(huì)嚴(yán)重耽誤項(xiàng)目的進(jìn)程，延誤文章的發(fā)表，甚至被別人搶發(fā)。光有測(cè)序平臺(tái)還不成，還要看是什么樣的測(cè)序平臺(tái)？很多老師都有個(gè)誤區(qū)，覺(jué)得測(cè)序質(zhì)量各個(gè)公司都差不多，其實(shí)這樣的想法是不正確的。不同的測(cè)序平臺(tái)數(shù)據(jù)質(zhì)量和產(chǎn)出量是不一樣的，甚至同樣的Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)，前年買(mǎi)的和今年買(mǎi)的測(cè)序儀在測(cè)序質(zhì)量上都會(huì)有一定出入。可以讓公司提供已完成項(xiàng)目的數(shù)據(jù)Q30和Q20，作為一個(gè)參考，公司自己制定其他數(shù)據(jù)評(píng)判標(biāo)準(zhǔn)與標(biāo)準(zhǔn)的Q30是兩個(gè)概念，結(jié)果很漂亮但不代表真實(shí)數(shù)據(jù)質(zhì)量。
 

第二是公司是否有強(qiáng)大的生物分析團(tuán)隊(duì)？有時(shí)花了不菲的價(jià)格，測(cè)了一堆數(shù)據(jù)，卻無(wú)法完成后續(xù)數(shù)據(jù)挖掘分析，將其轉(zhuǎn)化成可靠的結(jié)果，只能困在電腦里面，眼看著數(shù)據(jù)資源的優(yōu)勢(shì)在一點(diǎn)點(diǎn)流逝而毫無(wú)辦法。曾經(jīng)碰到一個(gè)老師，測(cè)了上百?gòu)埳镄酒臄?shù)據(jù)，卻沒(méi)有給分析出結(jié)果，守著一堆數(shù)據(jù)不斷找公司進(jìn)行后續(xù)挖掘。生物信息分析不是簡(jiǎn)單的跑跑流程，靠某一軟件進(jìn)行簡(jiǎn)單基因功能預(yù)測(cè)，這樣得出的結(jié)果到底有多大的可信度，沒(méi)人敢保證。比如基因組從頭測(cè)序，目前有很多公司提供該項(xiàng)服務(wù)，但真正有實(shí)力做好這項(xiàng)工作的公司有幾家？從公司有無(wú)從頭測(cè)序文章，文章發(fā)在什么雜志上就能知道這家公司是否有雄厚的生物信息分析功底，是否可以做相關(guān)項(xiàng)目。
 

其次是價(jià)格的衡量。無(wú)論什么樣的交易，價(jià)格永遠(yuǎn)是核心問(wèn)題中的核心。俗話說(shuō)，一分錢(qián)一分貨，便宜的但不一定是好的。比如說(shuō)同樣的4Gb轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，不同的公司價(jià)格相差很多，這是為什么？站在老師的角度，可以考慮一下幾點(diǎn)。樣品檢測(cè)是否使用了目前標(biāo)準(zhǔn)的四種檢測(cè)方法，并將檢測(cè)報(bào)告及時(shí)發(fā)送給老師？測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建是否采用了illumina Truseq RNA/Samll RNA Sample Pre Kit及其推薦的配套試劑，而不是使用其他試劑公司提供的配套試劑？比如說(shuō)有的公司會(huì)說(shuō)建庫(kù)按照illumina Truseq RNA指定方法進(jìn)行建庫(kù)，這里面就存在著問(wèn)題，可能是采用了illumina Truseq RNA的protocol，但并沒(méi)有采用原裝試劑。如果樣品的質(zhì)量和建庫(kù)質(zhì)量無(wú)法保證，會(huì)從數(shù)據(jù)源頭上導(dǎo)致低豐度轉(zhuǎn)錄本信息的丟失和數(shù)據(jù)偏好性。替代試劑的采用雖然降低了成本，但同時(shí)也降低了測(cè)序質(zhì)量。4Gb的數(shù)據(jù)質(zhì)量是clean data還是Raw data。clean  data是指除去了接頭及低質(zhì)量序列的數(shù)據(jù)，跟raw data完全兩碼事。同樣，后面生物信息分析要看公司提供的僅僅是簡(jiǎn)單跑流程，還是根據(jù)科研目標(biāo)，選擇分析軟件，調(diào)整參數(shù)，對(duì)結(jié)果提出合理的解釋?zhuān)o出最出色的問(wèn)題解決方案。
 

最后是后續(xù)服務(wù)。合同沒(méi)有簽時(shí)，可能將老師當(dāng)上帝，小心伺候著。但一旦簽了合同，打了項(xiàng)目款，后面就沒(méi)有了保證。最后結(jié)題報(bào)告發(fā)給老師，如何解讀報(bào)告以及相關(guān)問(wèn)題，可能連人都找不到了，因此后續(xù)服務(wù)也是非常重要的一點(diǎn)。
 

以上是自己工作時(shí)的一點(diǎn)感悟，希望能夠給各位準(zhǔn)備或者打算做高通量測(cè)序老師和同學(xué)一些參考。我會(huì)隨時(shí)更新這篇博文，將相關(guān)問(wèn)題羅列出來(lái)，在做相關(guān)項(xiàng)目時(shí)少走或者不走彎路。